檢測室是農貿市場必備的配套服務設施之一，也是食品安全保障實行的重要窗口。在全國各地的農貿市場建設規(guī)范中，都會對食品安全檢測室做出一定要求，例如《浙江省星級文明規(guī)范市場標準》規(guī)定，二星級及以上農貿市場必須設置檢測室，配置食用農產品檢測設施，配套檢測人員，每周食用農產品安全快速定性檢測不少于5天，每天不少于12批次。
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一般而言，檢測室需要具備事宜的面積，以確保檢測設施、檢測人員的工作正常進行，以15平方左右為宜；并且應當設置在農貿市場主要動線附近，避免形同虛設。
農貿市場食品安全檢測室的檢測對象有蔬菜、水果類中有機磷、氨基甲酸類農藥殘留檢測（包括農藥厚度及其有毒代謝物、降解物和雜質）以及蔬菜、大米、粉絲、水泡制品、豆制品、干貨中含甲醛、吊白塊、氧化硫（SO2）、亞硝酸鹽、雙氧水、硼砂等毒素；注水肉檢測。凡可由感官檢測的商品（如腐爛、變質）一律由檢測室和市場行政聯合巡查檢查。
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檢測方式和工具：用科學的食品安全檢測箱（儀）和農藥殘留檢測儀及新型電腦式檢測儀檢測。這里，一類是電子檢測，一類是試劑式目測定性檢測。
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檢測程序和辦法根據各個市場自身情況，因地制宜，往往對檢測時間、抽檢批次、檢測流程、公示結果等工作會進行一定規(guī)定，不可低于規(guī)范要求的批次數量，且檢測結果當日晨立即在商品檢測結果公示欄、各顯示屏、網上公布。
如出現蔬菜等商品農殘超標或有毒現象的不合格商品時，嚴格按銷毀制度和程序予以撤柜、計秤、拍照、簽字、銷毀和記錄處理。檢測重點的嫌疑商品、重點目標攤位、及普查檢測，需在全天經營期間，用不定時的抽查法進行特殊檢測。
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檢測員名義上負責檢測工作，實際與市場的日常管理人員、行政人員等也會存在一定的工作內容上的交叉，所以需要檢測員、管理員、行政人員各方共同配合，關注食品安全工作，重點是對腐敗、變質、過期、三無、無QS標志、假冒偽劣、未檢疫商品等實施“長效動態(tài)制”的行政督查。如遇工商等部門對特殊商品的查驗或銷毀指令時，按上級精神辦理。
對食品安全檢測員的一般要求為：檢測員必須經市（區(qū)）相應工商、技監(jiān)部門技術培訓合格后方可上崗。檢測室配置一專二兼職人員。兼職人員也須經初級培訓。檢測員在檢測期間應穿白大褂上崗，始終保持室內清潔衛(wèi)生。
日常除“四害”的消殺工作，規(guī)定用粉末藥物法、禁用噴灑法。樹立正確的食品安全責任意識，要按檢測儀器生產廠家規(guī)定的檢測程序和方法操作，做到公正執(zhí)法，不弄虛作假。
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